Jediní vojáci, kteří se nacistům postavili na odpor, byli z Frýdku Místku a čeští vojáci bojující na jižním Slovensku proti Maďarům. Čechům byly po připojení ponechány vlastní úřady. Premiér byl Beran, v průběhu války jej ještě vystřídali Wienert a Eliáš. Ihned po připojení proběhla akce zvaná Gitter (Mříže), při které bylo zatčeno více než 3000 armádních důstojníků a velitelů SOS. Vše bylo podřízeno říšskému protektorovi. Tento úřad zastával nejprve Konstantin von Neurath, po něm nastoupil v září 1941 Reinhard Heydrich a po úspěšném atentátu na jeho osobu Kurt Daluege. Od roku 1943 bylo ještě vše podřízeno státnímu ministrovi K. H. Frankovi. Obyvatelstvo bylo rozděleno na občany Říše (Němce) a občany protektorátu. Němci byli ve společenském životě samozřejmě zvýhodňováni. Byl budován důsledný německý aparát s úkolem zamezit případným nepokojům. Konečným cílem německé východní politiky bylo vyhlazení českého národa. Pouze rasově vhodní Češi měli být germanizováni, ti odbojní pak vyhlazeni nebo vystěhováni k Severnímu ledovému oceánu. Probíhala velmi pečlivá arizace (zabírání žid. majetku).