Skripta: Modelování biologických systémů

Oba pojmy označují aktivitu spojenou s vytvářením modelů objektů reálného světa a s jejich experimentováním.

Modelování je soubor aktivit vedoucích k vývoji matematického modelu, který současně reprezentuje strukturu a chování reálného systému.
Simulace je soubor aktivit sloužících k ověření správnosti modelu a získání nových poznatků o činnosti reálných systémů.
Reálný objekt
= zkoumaná část reálného světa; může být
přirozený (květina, včelí roj, kardiovaskulární systém člověka, ...) nebo
umělý (počítač, tok materiálu ve výrobním podniku);
existující nebo plánovaný
= zdroj dat o svém chování
Model
= zjednodušený abstraktní popis reálného objektu (soubor vztahů, resp. instrukcí pro generování dat popisujících chování reálného objektu;
= modely systémů s neznámou strukturou (to je zpravidla případ biologických systémů) jsou založeny na analýze experimentálních dat. Tento proces stanovení struktury systému (modelu) se nazývá inverzní problém. Protože je struktura systému neznámá, reprezentuje struktura modelu, vytvořená podle experimentálních dat pouze hypotézu o struktuře systému, modely tedy nejsou statické, nýbrž se vyvíjejí v čase podle přístupu k novým informacím o systému, které umožňují rozšiřovat a zpřesňovat model i s ohledem na strukturu;
= při tvorbě modelu se vyskytují mnohá omezení - neúplná data díky nedokonalému vzorkování, resp. nevhodnému počtu nebo nepřesně stanoveným podmínkám provedených experimentů.
Reálný objekt a jeho model jsou navzájem propojeny dvěma relacemi - abstrakcí a interpretací.