Ferdinand I. si vytknul program silného státu s přehlednou a účinnou
správou. Chtěl sjednotit systémy vytvořeného soustátí, aby celek byl snadno ovladatelný a panovník mohl kdykoliv zasahovat do jeho správy a získávat potřebné zdroje, zejména finanční. Ferdinand se dostal do sporu se stavy v Čechách, kteří si v předešlém období vytvořili vlastní politický systém, některých složkách téměř nezávislý na panovníkovi. V období 35-36 uzavřel s podporou Karla V. několik spojeneckých smluv na ochranu katolického náboženství (případně též k obraně proti Turkům), a to s Bavorskem a dalšími katolickými knížaty, či s církevními kurfiřty. Těmito kroky Ferdinand předznamenával střet, který vzápětí přinesla šmalkádská válka. Navíc odstupoval od tradice české zahraniční politiky a to jak tématicky tak obsahově. Těžiště spojeneckých svazků přinášel na katolický jih a jihozápad Říše a tím oslaboval přepětí české koruny s protest. severoněm. teritorial. státy.