Vznik mitochondrií Dříve se o původu mitochondrií spekulovalo, ale dnes se díky četným výzkumům jeví jako nejpravděpodobnější teorie endosymbiózy. Teorie spočívá v tom, že do původně anaerobní bakterie, předchůdce dnešní eukaryotické buňky, vnikla aerobní bakterie, která zde dala vznik protomitochondrii . Díky vzniku protomitochondrie mohla původně anaerobní bakterie začít využívat kyslík k získáni energie, protože do anaerobní buňky s sebou přinesla enzymy dýchacího řetězce. Touto aerobní bakterií byla pravděpodobně α – proteobakterie. K tomuto závěru dospěly výzkumy zabývající se srovnáním DNA α – proteobakterií, mtDNA kvasinek a mtDNA člověka. Byly zde pozorovány určité podobnosti svědčící o příbuznosti těchto genomů. Tuto hypotézu také podpořily výzkumy zabývající se proteinovým složením a celkovým metabolismem proteinů, které potvrdily určitou příbuznost.