Japonsko je ostrovní země. Tvoří jej přibližně 3900 ostrovů, z nichž většina jsou jen malé ostrůvky. Proto je uváděno nejčastěji jeho pět hlavních ostrovů: Hokkaidó, Honšú, Kjúšú, Šikoku a Okinawa. Rozloha činí 377 435 km2 a přibližně 80% povrchu pokrývají hory. Souostroví se rozkládá mezi 25° a 45° severní zeměpisné šířky. Na jihozápadě se nalézá souostroví Rjúkjú (jehož součástí je i Okinawa), v Korejském průlivu leží ostrovy Cušima a u západního pobřeží Honšú se nachází známý ostrov Sado.