Saxonská tektonika otevřela prostor pro činnost tekoucí vody; byla zažehnuta hloubková eroze řek. Obecně v humidních podmínkách je říční (a případně ronová) eroze hlavním geomorfologickým činitelem. Od neogénu se začíná vytvářet současná podoba našeho území, tedy systém zahloubených říčních toků.
Před začátkem vývoje říční sítě v dnešní podobě (tj. před saxonskou tektonikou na začátku neogénu) vypadala Česká vysočina následovně: - v okolí České vysočiny bylo moře, Česká vysočina byla zvlněnou kotlinou s výraznými jezerními pánvemi a odvodňování území bylo tou dobou separováno do odlišných oblastí.; - mezi Chebskem a dnešním výtokem Labe z Čech existovala tři průtočná jezera; - Vltava tehdy neexistovala, její horní tok tehdy směřoval přes ještě nevyvýšenou Šumavu (sníženinami u Horního a Dolního Dvořiště) na jihovýchod k alpské mořské předhlubni (dnes tudy teče řeka Feldaist); - na místě budějovicko-třeboňské pánve bylo obrovské jezero, které bylo během neogénu postupně rozděleno lišovským prahem. Toto jezero bylo odvodňováno sníženinou u dnešních Českých Velenic do moře alpské předhlubně; - jih Středočeské pahorkatiny byl odvodňován do jezera budějovicko-třeboňské pánve; - menší jezera se nacházela na Plzeňsku a Podorlicku; - Berounka odtékala do podkrušnohorských jezer; vody dnešní dolní Berounky, dolní Vltavy a středního Labe odtékaly přes východní Čechy do lanškrounského zálivu předkarpatského moře. Sem taktéž odtékalo dnešní horní Labe; - hlavní řekou moravské části České vysočiny byla Svitava, jež ústila do moře v Dyjsko-svrateckém úvalu; - horní tok Moravy tekl do Hornomoravského úvalu.