Národní strategický referenční rámec 2007-2013 byl připravován při respektování principu partnerství v souladu s článkem 11 nařízení Rady (ES) č. 1083/2006, o obecných ustanoveních o Evropském fondu pro regionální rozvoj, Evropském sociálním fondu a Fondu soudržnosti a o zrušení nařízení (ES) č. 1260/1999 (dále jen „obecné nařízení“). MMR zajišťovalo celkovou koordinaci přípravy ČR na programové období 2007-2013 včetně zpracování Národního rozvojového plánu (NRP) a Národního strategického referenčního rámce (NSRR). V průběhu tohoto procesu byl kladen důraz na zajištění funkčního partnerství jako jednoho z klíčových předpokladů efektivního využívání pomoci ze strukturálních fondů a Fondu soudržnosti EU. Nejvýznamnějším nástrojem koordinace se stal Řídící a koordinační výbor (ŘKV), jehož prostřednictvím jsou do procesu přípravy na čerpání strukturálních fondů a Fondu soudržnosti zahrnuti všichni relevantní partneři. Předsedou výboru se stal ministr pro místní rozvoj, členy pak jsou zástupci věcně příslušných resortů, územní samosprávy (reprezentované kraji, včetně hl. města Prahy a zástupci Svazu měst a obcí), hospodářských a sociálních partnerů, vzdělávacích institucí a neziskového sektoru. Jako hosté se jednání ŘKV pravidelně zúčastňují také zástupci Svazu českých a moravských výrobních družstev, Agrární komory ČR a Akademie věd ČR. Jednotlivé instituce jmenovaly své zástupce na tak vysoké úrovni, aby byl ŘKV schopen přijímat důležitá rozhodnutí. Od května 2005 do dubna 2007 se ŘKV sešel ke svému jednání devětkrát.