Jessenius pocházel z uherského rodu, který měl kořeny ve slovanském Turci. Ke svému zděděnému šlechtickému přídomku de Magna Jessen se od dob studií hrdě hlásil a jeho příslušnost k uherské stavovské obci sehrála důležitou roli v pozdějších obdobích jeho života.
Narodil se 27.12.1566 ve slezské Vratislavi a začal studovat na vratislavské městské škole. Osud nadaného protestantského synka vedl nejdříve na proslulou akademii do Wittenbergu a později do Lipska, kde studoval filosofii a medicínu. Touha po hlubším medicínském vzdělání a také proslulost významné lékařské fakulty v Padově přilákaly i jeho. Cestou ze Saska do severní Itálie
navštívil Jessenius poprvé i Prahu, která měla v budoucnu vidět řadu jeho triumfů i tragický konec.