Kliment Čermák se narodil v Čáslavi dne 1. dubna 1852 v rodině knihaře Klementa Jana Čermáka a Johany (rozené Kryšpínové). Rodina, ve které malý Kliment vyrůstal byla poměrně pokroková. Otec Klement Čermák se vyučil knihařem, ale jako samouk se vzdělával dále. V roce 1859 byl jedním ze zakládajících členů Záložny Čáslavské a až do své smrti zde působil v různých výborových funkcích. K. Čermák st. dále přispíval různými články do denního tisku a časopisů a sepsal i „Dějiny Záložny Čáslavské“. Zasedal též v letech 1860 - 1884 v obecním zastupitelstvu města Čáslavě. Mladý Kliment v rodné Čáslavi vychodil obecnou školu a posléze i nižší reálku a protože se rozhodl pro učitelskou dráhu, nezbylo než aby v roce 1868 odešel do Prahy studovat učitelský ústav. Zde K. Čermák kromě studia na c. k. ústavu ku vzdělání učitelů navštěvoval i přednášky zoologie a paleontologie na pražské technice. Stýkal se s lidmi aktivními na poli vědy i kultury a jeho rozhled se pomalu, ale jistě rozšiřoval. Kromě národního uvědomění, jehož zárodky si přinesl již z domova, se zde v Praze také probudil jeho zájem o historii v širokém slova smyslu. Hlavní příčinou byl jeho styk s ředitelem učitelského ústavu Janem Lepařem. Jeho zájem o geologii a paleontologii byl pak podpořen a dále rozvíjen prof. Antonínem Fričem. Zcela zásadním setkáním, které jej mělo ovlivnit na zbytek života, bylo seznámení s tehdejším správcem archeologické sbírky Národního muzea Františkem Benešem.