Rostliny nemohou utéct před útočícími býložravci a ani nemají imunitní systém proti napadení bakteriemi , houbami nebo viry. Jsou v podobné situaci jako ostatní přisedle žijící organismy (např. mořští živočichové ), rostliny si v průběhu evoluce vyvinuly biologicky aktivní SM (small molecules, jako jsou těkavé esenciální oleje a barevné flavonoidy nebo tetraterpeny), které jim pomáhají bránit se před býložravci ( hmyz , měkkýši , obratlovci ) , mikroby , viry a jinými konkurenčními rostlinami. Aby byly účinné, musí SM být přítomny na správném místě, čase a koncentraci v rostlině. Biosyntéza více SM je konstitutivní zatímco v mnoha rostlinách, může být vyvolána a zvýšena biologickými stresovými podmínkami jako je poranění nebo infekce (zejména pokousání brouky a housenkami motýlů). Tato aktivace může být biochemická např. hydrolýza glykosidů, které jsou uloženy jako " proléčiva ", nebo prostřednictvím aktivace genů zodpovědných za syntézu, přepravu a skladování SM. Nebo aktivací signálních drah, které vedou k aktivaci genu vedoucí k syntéze např. jasmonové kyseliny nebo kyseliny salicylové , které jak bylo zjištěno, spouštějí obranné reakce u rostlin ( Kessler et al . , 2004 )