Josef Sekera se oženil (předtím byl svobodný) v roce 2001 s Danielou Vrchovcovou. Kromě toho má dvě děti (Petr Sekera nar. 1990, Karolína Sekerová nar. 2002)
Josef Sekera provozuje jako fyzická osoba živnost Hostinská činnost -má otevřenu hospůdku "Na Sekeru v Brně" od roku 1998. Od roku 2004 mu v hospodě dělá servírku manželka, za práci jí začal platit až v roce 2015, kdy spolu uzavřeli pracovní smlouvu. Od roku 2012 mu pomáhá v hospodě syn jako kuchař a od roku 2014 mu dcera chodí pomáhat mýt nádobí.
V roce 2003 si Josef Sekera jako FO otevřel prodejnu potravin (volná živnost maloobchod, velkoobchod). Na zařízení použil prostředky ze společného jmění manželů, jinak se ale na provozu jeho rodina nijak nepodílí s výjimkou jeho bratrance Karla Velebného, který mu občas obchod pohlídá a jeho otce Kamila Sekery, který je v důchodu a obchodě pravidelně pomáhá, protože ho to baví.
Kromě toho má Josef Sekera od roku 2007 podíl 100% ve společnosti s ručením omezeným Sekera a syn s.r.o. , která provozuje obchod s nářadím v Brně a Olomouci, dováží nářadí, spojovací materiál a podobně ze zahraničí a také poskytuje montážní služby nábytku. Na činnosti společnosti se významně podílí od roku 2010 také syn, který ale neměl se společností uzavřenu žádnou smlouvu. Od roku 2014 je ale v obchodním rejstříku zapsán odštěpný závod, jehož ředitelem syn Petr Sekera (má uzavřenu smlouvu o výkonu funkce.