Mléko může obsahovat nečistoty pocházející z povrchu těla dojnic, ze vzduchu, z krmiva, steliva apod. Čím dříve se nečistoty odstraní, tím méně se MO do mléka vyplaví. Mléko se čistí bezprostředně po nadojení, čištění nesmí být žádným způsobem urychleno.
Po nadojení musí být mléko a mlezivo uchováno na čistém místě, které je navrženo a vybaveno tak, aby nedošlo ke kontaminaci. Účelem chlazení je zabránit rozvoji kontaminujících mikroorganismů.
Mléko má po nadojení teplotu 33°C a je nezbytně nutné, aby bylo vychlazeno na předepsanou teplotu dle legislativy. Chlazení probíhá v mléčnici - samostatné místnosti oddělené od dojírny i stájových prostor a vybavené chladícími úchovnými nádrži - tanky na mléko. Prostory mléčnice mohou být používány pouze pro činnosti související se zacházení s mlékem. Stěny místnosti musí být snadno čistitelné a podlahy musí usnadňovat odvod tekutin. U mléčnice je prostor pro uložení sanitačních prostředků a místnost pro čištění a dezinfekci dojícího zařízení a nádob na mléko a vhodné sanitární zařízení pro zaměstnance (šatny, sprchy, WC).