Agroekosystém můžeme definovat jako funkční jednoktu hospodářsky významných organismů a prostředí . Je časově a prostorově ohraničen. Pro drtivou většinu případů uvažujeme AE vymezené hranicemi farmy. Na této organizační úrovni hovořme o tzv. farmářských systémech . Farmářský systém zahrnuje uspořádání podniku (pěstování plodin, chov zvířat, zpracování produktů) a jeho řízení ve vztahu k biofyzikálnímu a socioekonomickému prostředí.
AE vznikly z produkčně nejkvalitnějších přirozených ekosystémů na jejich úkor. V širším smyslu chápeme agroekosystém jako soubor všech ekosystémů zemědělské farmy nebo dokonce jako celou farmu včetně všech pracovníků. Agroekosystém je součástí nadřazeného zemědělského systému území a ten zase závisí na způsobu života dané oblasti a je propojen s jejím ekonomickým systémem. Tím agroekosystém překračuje hranice ekologie a zahrnuje i sociálně-kulturní a ekonomické aspekty. Je snahou, aby se agroekosystémy dlouhodobě nacházely v rovnovážném stavu jako ekosystémy klimaxové. Na rozdíl od nich je však rovnováha uměle udržována.
Vzájemné srovnání přirozeného a antropogenního ekosystému je možné z hlediska druhové diverzity, strukturální složitosti, závislostí na místních nebo vnějších hlavně neobnovitelných zdrojích, produktivity, efektivity využití zdrojů, koloběhu látek a stability, funkce (produkční, neprodukční), míry autotrofie, závislosti na antropogenním udržování, stupně samozásobení, svým vlivem na prostředí.