Intenzivní zemědělství (zejména živočišná výroba) je významným zdrojem emisí oxidu uhličitého, metanu, oxidu dusitého a amoniaku, které bývají spojovány s globálním oteplováním, zmenšováním ozónové vrstvy a kyselými dešti. Koncentrace škodlivých látek v ovzduší jsou tak vysoké, že mohou poškodit zdraví zvířat i pracovníků. K látkám, jejichž obsah v ovzduší je regulován, patří čpavek, oxid uhličitý, oxid uhelnatý, formaldehyd, sirovodík a vdechovatelný prach.
Skupina látek zvaných vzdušné endotoxiny zahrnuje bakterie, části hmyzu, částečky výkalů, prach z kůže, peří a krmiva, čpavek atd. Čpavek vyvolává zápal sliznic očí a dýchacího ústrojí. Endotoxiny jsou spojovány s respiračním onemocněním a toxickou horečkou pracovníků zemědělských podniků, kde se chová drůbež a prasata. Zvířata jsou neustále vystavena účinkům těchto látek, jejichž koncentrace bývají tak vysoké, že často poškozují jejich zdraví. Drůbežárny s intenzivními chovy jsou „velkým zdrojem znečištění ovzduší“. Koncentrace endotoxinů (prach obsahující zbytky bakterií, hmyzu, výkalů, krmiva, kůže a peří a plyny) je v drůbežárnách taková, že s největší pravděpodobností poškozuje zdraví pracovníků i zvířat a jejich zápach lze cítit až 2 km daleko. Velká drůbežárna emituje až 3,2 kg endotoxinů v hodině.