Problematika odpadů nebyla v zemědělskopotravinářském komplexu řešena, byla brána jako podřadná. V průběhu let se zjistilo, že některé složky odpadu mohou mít charakter primárních a sekundárních kontaminantů a ovlivňovat tak následně zdraví člověka, ale i jiných živých organismů.
Rostlinná výroba
Hlavní nebezpečné odpady z rostlinné produkce a výroby jsou především odpady z moření osiv. Mohou to být přímo odpady z mořidel nebo obaly z plastu a papíru znečištěné zbytky mořidel osiv. Za nebezpečné je považujeme především pro obsah rtuti. Rtuť je biogenním prvkem, do organismu se dostává nejčastěji přes trávící a respirační trakt. Menší množství může pronikat i přes pokožku. Množství resorbované rtuti závisí na způsobu aplikace a na chemickém složení sloučeniny. Rtuťové páry jsou vysoce toxické. Otravy zvířat anogr. sloučeninami rtuti se dnes téměř nevyskytují. Většího významu nabývají otravy lidí a zvířat organickými sloučeninami rtuti, které se používají jako pesticidy. Hospodářské podniky používaly a ještě používají tyto sloučeniny jako prostředky na moření obilí určeného k setí. Což vedlo k pomalé otravě půdy rtutí. V důsledku neznalosti nebezpečí otrav se místy mořené osivo zkrmovalo hospodářskými zvířaty. Byly i případy, že organické rtuťové pesticidy se staly teké zdrojem otrav volně žijící zvěře a ptactva.