V České republice se vznik ekologického zemědělství datuje od roku 1990, kdy byly za součinnosti Ministerstva zemědělství ČR, Sdružení Libera a Svazu PRO-BIO (svazy sdružující ekologické farmáře) položeny základy celého systému. Koncem roku 1990 byly uvolněny první finanční prostředky na podporu vzniku ekologicky hospodařících podniků. Dotace pokračovaly až do roku 1992 a byly zřejmě hlavním důvodem nárůstu ploch až na cca 15 tis. ha. V té době v ČR působilo pět svazů ekologických zemědělců. Rozhodnutí MZe ČR zrušit dotace způsobilo v letech 1993-1996 stagnaci ploch, ale zároveň mělo pozitivní vliv na kvalitativní rozvoj ekologického zemědělství. Řada podniků hospodařících ekologicky jen z důvodů dotací ukončila svou činnost, počet svazů se redukoval na dva a MZe ČR se věnovalo především přípravě metodických a legislativních kroků a sjednocování celého hnutí. V roce 1994 bylo rozhodnuto o zavedení jednotné ochranné známky pro biopotraviny a to zejména z důvodů marketingu a zviditelnění produkce na veřejnosti. V této době začali působit na českém trhu větší zpracovatelé a obchodníci a postupně se zvyšovalo povědomí spotřebitelů o tomto typu produkce.