Představuje rozrůzněnost života. Světový fond ochrany přírody definoval v roce 1989 biodiverzitu jako „bohatství života na Zemi, miliony rostlin, živočichů a mikroorganismů, včetně genů, které obsahují, a složité ekosystémy, které vytvářejí životní prostředí.“
1. Genetická diverzita (genetic diversity) se vztahuje k rozmanitosti genů v rámci druhů. Zahrnuje odlišné populace téhož druhu nebo geneticky rozdílné jedince v rámci určité populace. Tyto ztráty jsou nejméně nápadné, ale z hlediska budoucnosti jsou nejzávažnější.
2. Druhová diverzita (species diversity) souvisí s rozmanitostí druhů v rámci určité oblasti. Může být vyjadřována různými způsoby, a to jako: • druhová bohatost (species richness) - počet druhů v určitém regionu - je často používaným měřítkem pro hodnocení daného území z hlediska biodiverzity. • taxonomická diverzita (taxic diversity) bere v úvahu i vzájemné vztahy mezi jednotlivými druhy. Například určitý ostrov s výskytem dvou druhů ptáků a jedním druhem ještěrek má větší taxonomickou diverzitu než jiný ostrov se třemi druhy ptáků, ale žádnou zde se vyskytující ještěrkou. • funkční diverzita (functional diversity) bere v úvahu postavení jednotlivých druhů z hlediska jejich funkce v ekosystému, např. z hlediska potravních řetězců, z hlediska významu druhu pro existenci dalších druhů - klíčové druhy (keystone species).
3. Ekosystémová diverzita (ecosystem diversity) se určuje obtížněji než druhová nebo genetická diverzita, protože hranice společenstev a ekosystémů jsou obvykle jen těžko rozpoznatelné.
Všechny 3 úrovně diverzity spolu vzájemně souvisejí a rovněž tak ochrana biodiverzity musí být uskutečňována na všech 3 úrovních ve vzájemných souvislostech. Biodiverzita není jen diverzita jednotlivých úrovní, ale i diverzita interakcí, které mezi těmito úrovněmi existují.