Problematika odpadů nebyla v zemědělskopotravinářském komplexu řešena, byla brána jako podřadná problematika. V průběhu let se zjistilo, že některé složky odpadu mohou mít charakter primárních a sekundárních kontaminantů a ovlivňovat tak následně zdraví člověka, ale i jiných živých organismů.
Odpady se hodnotí podle dopadu na organismy a na životní prostředí. Kategorie odpadu ze zemědělskopotravinářského komplexu podle legislativy: - zvláštní odpad - zvláštní nebezpečný odpad - ostatní odpad Odpady ze zemědělské prvovýroby můžeme také rozdělit na - odpady z výrobní činnosti a - odpady z nevýrobní činnosti, ty vznikají např. umýváním stájí, garáží a zemědělských strojů.