Odpady ze zemědělské prvovýroby můžeme rozdělit na odpady z výrobní činnosti a odpady z nevýrobní činnosti- ty vznikají např. umýváním stájí, garáží a zemědělských strojů. Součástí zemědělské prvovýroby je výroba rostlinná a živočišná. Rostlinná výroba může mít negativní vliv na životní prostředí (scelování pozemků, meliorace rozsáhlých ploch, chemizace, intenzita hnojení), zvýšeným používáním biogenních prvků může dojít k jejich průniku do podzemních vod. Mezi hlavní nebezpečné odpady z rostlinné výroby patří: odpady z moření osiv a zbytky mořidel (obsahují rtuť), obaly z plastů a papíru znečištěné zbytky mořidel osiv (obsahují rtuť), zbytkové zásoby jiných organických chemikálií obsahující těžké kovy a toxické prvky (např. měď), zbytky organických pesticidů a jiných agrochemikálií. K nejzávažnějším zdrojům odpadů ze živočišné výroby pak řadíme exkrementy (chlévská mrva, kejda, drůbeží trus), silážní šťávy z nevhodně připravené siláže a odpadní vody z dojíren, mléčnic a sociálních zařízení. Nejvýznamnějšími kontaminanty anorganického původu pocházejícími ze zemědělské prvovýroby jsou biocidy a pesticidy a umělá hnojiva.