Jednotlivá potravinářská odvětví jsou charakterizována svým specifickým druhem odpadů. Prostřednictvím antropogenní činnosti, která intenzivně využívá životní prostředí, dochází k zamoření potravního řetězce cizorodými prvky. Tyto se dostávají do půdy a vody a odtud do rostlinných orgánů používaných k výrobě potravin. Odpady zemědělsko-potravinářského komplexu zahrnují především:
» Rostlinná výroba - hlavní nebezpečné odpady pocházejí z moření osiv, zbytky mořidel obsahují Hg, plastové a papírové obaly znečištěné mořidly osiv - zbytkové zásoby jiných anorganických chemikálií obsahující těžké kovy a toxické prvky (Cu, As…) - zbytky organických pesticidů a jiných agrochemikálií - zpracování těchto odpadů není řešeno systematicky, dochází ke spalování (Hg)