Chemická ochrana má kromě svých nepřehlédnutelných výhod, jako jsou vysoká rychlost účinku, praktičnost použití a záruky účinnosti, i některé negativní vlastnosti.
Z nich nejzávažnější jsou:
- ohrožení necílových organismů - vyvolání rezistence u škůdců - perzistence v prostředí a produktech - poměrně nízká selektivnost - negativní vlivy na půdu - poměrně vysoký potenciál ohrozit svou toxicitou zdraví lidí a zvířat