Stavební řešení potravinářských podniků, technologické zařízení i organizace práce musí být uspořádány tak, aby neumožňovaly rozvoj kontaminujících mikroorganismů a současně zamezovaly a minimalizovaly sekundární kontaminaci v průběhu výroby. Primární kontaminací přitom rozumíme kontaminaci surovin přídatných a pomocných látek. Pro minimalizaci hygienických rizik výroby potravin se zpracovávají programy, které schvalují orgány státního veterinárního dozoru, jsou součástí programů HACCP, sami odběratelé anebo soukromé kontrolní orgány, které vydávají potvrzení o zajištění standardů, obvykle nad úroveň kontrol státních orgánů BRC, EFSIS ISO aj. Stále vyšší nároky se kladou na preventivní hygienická, sanitační opatření. Represivní opatření jsou vyžadována v souvislosti s odstraňováním vzniklých problémů nebo nákazových rizik zasahujících územní celky, ale můžeme jimi v širším slova smyslu rozumět také veškeré systémy sanitace provozů během, ale především po ukončení výroby.