V zemědělské prvovýrobě i v potravinářském průmyslu má při mikrobiologickém hodnocení surovin, potravin, obalů i výrobních prostor a zařízení velký význam stanovení indikátorových mikroorganismů, které nám poskytuje další důležité informace o mikrobiální kvalitě testovaných vzorků. Jedná se především o údaje o možné fekální kontaminaci potravin či údaje poukazující na úroveň hygieny a sanitace v potravinářském provozu. Průkaz indikátorových mikroorganismů může ukazovat na nedostatky v technologii výroby potravin a na jejich sekundární kontaminaci.
Indikátorové mikroorganismy můžeme obecně rozdělit do dvou skupin. Počty mikroorganismů první skupiny nás informují o primární a sekundární kontaminaci surovin, potravin a výrobních ploch, dodržování technologických postupů a principů správné výrobní praxe (GMP, angl. good manufacturing practice). Do této skupiny řadíme: - celkový počet mikroorganismů, - počet bakterií čeledi Enterobacteriaceae, - počet koliformních bakterií, - počet enterokoků, - počet psychrotrofních bakterií, - počet termorezistentních bakterií, - počet termofilních bakterií.