Mikroskopie (světelná, elektronová, laserová anebo atomová) a další zobrazovací techniky jsou jedny z nejvhodnějších postupů pro hodnocení skladby a struktury potravin. Existuje pro to několik důvodů - mikroskopická stavba základních surovin je známá, změny po základních technologických postupech jsou popsány. Také lze využít cílené diagnostické metody. Mikroskopické metody umožňují získat přehled o rozmístění a velikosti součástí ve výrobku. V případě potřeby je mikroskopický obraz možné převést na číselná data, která dovolují statistické zpracování.
Klasické vyšetření ve světelném mikroskopu je přímou metodou pro určení součástí potravin, a proto bylo a je využíváno zejména pro zjišťování různých způsobů falšování potravin. Představuje tak vedle metod chemických, imunochemických a molekulárně biologických další, v některých případech také levnější, alternativu vyšetření potravin. Složení potravin je do určité míry regulováno předpisy. Dále jsou pro některé druhy potravin stanoveny konkrétní požadavky na jejich složení, tak aby se zachovala určitá kvalita potravin ve spojení s konkrétním druhem výrobku a použitím určitého názvu. Stručný přehled těchto předpisů je uveden v kapitole falšování potravin včetně nejčastějších forem jejich porušování.
V České republice není mikroskopické vyšetření potravinářských výrobků obvyklé. V řadě evropských zemí (Rakousko, Německo, Francie, Holandsko) je však používáno jako cílené vyšetření a je také součástí potravinářské legislativy a souborů analytických metod pro vyšetřování potravin. Výsledek analýzy může být rozhodujícím faktorem pro posouzení dodržování technologického postupu a některých způsobů falšování potravin. Obvykle jde o kvalitativní vyšetření, tzn. o zjištění přítomnosti jednotlivých tkání a posouzení jejich přípustnosti nebo vhodnosti pro daný výrobek.