Houby jako heterotrofní organismy hrají v přirozených ekosystémech několik odlišných rolí. Protože si nemohou samy vyrobit organické sloučeniny, žijí především jako saprofyti na mrtvé organické hmotě (reducenti, mineralizují organické látky v přírodě), ale také jako paraziti živých rostlin a živočichů i jako mutualističtí symbionti mnoha fototrofních organismů (např. sinic a řas v lišejníkových stélkách a jako mykorhizní partneři cévnatých rostlin).
Fakultativní parazité - saprotrofové, kteří se mohou stát parazity, pak se chovají jako nekrotrofní parazité (Nectria cucurbitula), někdy sekundární parazité - napadají hostitele oslabeného jiným patogenem, jinak jsou saprofyté (Alternaria alternata, Botrytis cinerea) Nekrotrofní parazité napadají a rychle usmrcují živé buňky, macerace pletiv enzymy, toxiny a pak jej dál kolonizují (Armillaria mellea),
Obligátní biotrofní parazité - potřebují hostitele živého, (nelze je uchovávat, ani množit na médiích) Dle charakteru růstu mycelia (inter- intracelulární), získávají živiny přímo, nebo nepřímo: Modifikací hyf mycelia je u parazitických hyf apresorium, kterým vyšle do hostitele průnikovou hyfu, která někdy může mít pouze mechanickou funkci (přichycení). Často se však potom větví a může se přeměnit v haustorium, umožňující čerpání živin.